Zlepšení úkrytových i potravních podmínek pro netopýry lze dosáhnout pomocí vcelku jednoduchých opatření, která zároveň prospívají i ptákům a dalším živočichům. Tato opatření se týkají jak obnovních a výchovných zásahů, pěstební činnosti či používání chemických látek, tak péče o vodní plochy a mokřady, lesní cesty, lesní okraje i okolí lesa.

1. Obnovní a výchovné zásahy

• omezit holosečné hospodaření

  Při holosečném způsobu obnovy porostů dochází k jednorázovému odstranění velké plochy lesa, ve kterém se mohlo nacházet větší množství netopýřích úkrytů. Netopýrům neprospívá holoseč ani z potravního hlediska. Jako loviště netopýři využívají nejčastěji menší světliny o rozloze okolo 0,5 ha.

• Preferovat maloplošné clonné a výběrné formy hospodaření

•  podporovat různověkost porostů a jejich vertikální strukturovanost

  Tyto způsoby hospodaření umožňují zachovat v porostech dostatečnou nabídku úkrytů pro netopýry a zároveň pomáhají zvýšit rozmanitost struktury lesa a tím i rozšířit nabídku potravních stanovišť netopýrů. Těžbou menších skupin stromů jsou vytvářeny drobné světliny. Přirozenou obnovou vznikají různověké porosty s diverzifikovanou prostorovou skladbou a s bohatým zastoupením keřového i bylinného patra.
  

• zvyšovat podíl odumřelého dřeva v lese

  Úkryty netopýrů se velmi často nacházejí ve stojících mrtvých či odumírajících stromech (např. za uvolněnou kůrou). Odumřelé dřevo je zároveň osídlováno hmyzem, který je zdrojem potravy pro netopýry – to se týká i dřeva ležícího. Při těžbě je proto vhodné část odumřelých stromů ponechat v porostu.
  

• neprovádět odkorňování kmenů

  Štěrbiny za uvolněnou kůrou stromů jsou jedním z důležitých typů netopýřích úkrytů v  lesích. Pokud se tedy nejedná o porost s kalamitním výskytem škůdců, je vhodné uvolněnou kůru na stojících, již odumřelých kmenech ponechávat.

• zachovávat velké staré stromy a stromy s dutinami

  Starší stromy jsou netopýry obývány častěji než stromy mladé, neboť se v nich vyskytuje větší množství vhodných úkrytů. Je tedy vhodné v porostech zachovávat nejen stromy s viditelnými dutinami (tzv. doupné stromy), ale i ostatní velké staré stromy. Zejména cenné jsou skupiny starých stromů.

• v jehličnatých porostech zachovávat listnaté stromy

  Listnaté stromy, zejména duby a buky, poskytují netopýrům bohatší nabídku úkrytů než stromy jehličnaté. Důležité jsou i z potravního hlediska – netopýři často loví hmyz v jejich korunách. V porostech s převahou jehličnatých dřevin má proto přítomnost listnatých stromů zvlášť velký význam.

• zvýšit dobu obmýtí u bučin a doubrav

  Pravděpodobnost výskytu stromových dutin roste s věkem porostu. Při obvyklé době obmýtí 120-130 let pro dub a buk se v porostech nestačí vytvořit dostatečné množství úkrytů. Ve vhodných případech je proto žádoucí prodloužit obmýtní dobu listnatých porostů.

2. Pěstební činnost

• zvyšovat podíl listnatých dřevin

• zvyšovat druhovou rozmanitost dřevin

• používat původní druhy dřevin

Porosty s převahou listnatých stromů poskytují netopýrům vyšší nabídku úkrytů než lesy jehličnaté. Z potravního hlediska jsou významné zejména porosty s pestrou druhovou skladbou. Ke zlepšení životních podmínek pro netopýry přitom není nezbytná kompletní změna dřevinné skladby v daném lesním celku, význam má i vytváření menších enkláv odlišných od okolního porostu. S ohledem na obecnější požadavky ochrany přírody je důležité při výsadbě používat původní druhy dřevin vhodné pro příslušný vegetační stupeň.

3. Pesticidy

• omezit používání pesticidů v lesích

Nevhodné je zejména používání insekticidů (prostředků k hubení hmyzu), které snižují nabídku potravy pro netopýry v lesích. Kromě toho může docházet k akumulaci škodlivých látek ve tkáních netopýrů, a to již u mláďat konzumujících mateřské mléko. V minulosti vedlo používání některých pesticidů (zejména organochloridů, jako je DDT, dieldrin či lindan) k drastickému poklesu netopýřích populací. Díky zákazu těchto látek se situace v posledních desetiletích zlepšila, stále však platí, že se jedná o jeden z důležitých faktorů ohrožujících netopýry. Používání pesticidů v lesích by proto mělo být omezeno spíše na výjimečné situace a pouze na krátkodobou aplikaci.

4. Lesní rybníčky a mokřady

• omezit odvodňování a meliorace v lesích

• zachovat existující lesní tůně a rybníčky

• vytvářet nové lesní tůně, mokřady a rybníčky

• udržovat či znovu zakládat pobřežní porosty kolem potoků

Přítomnost podmáčených porostů, lesních tůní, rybníčků, potoků a bystřin a jiných drobných mokřadů má pro netopýry velký význam zejména z potravního hlediska. Kromě ochrany samotných vodních ploch a toků je důležité zachovávat i jejich břehové porosty. Ve stromech rostoucích v bezprostřední blízkosti vodních ploch se také často nacházejí úkryty netopýrů.

Zároveň je však třeba mít na paměti, že vytváření nových lesních rybníčků nemusí být v některých případech z hlediska druhové rozmanitosti přínosem. To se týká zejména míst původních mokřadů či tůní, které hostí větší množství druhů (včetně hmyzu představujícího potravu netopýrů) než nově zbudované rybníky.

5. Lesní cesty

• zachovávat bylinnou a křovinnou vegetaci podél cest

Vnitřní okraje lesa podél cest patří mezi důležitá potravní stanoviště netopýrů, zejména pokud jsou lemovány pásem keřové a bylinné vegetace vhodné druhové skladby (viz lesní okraje).

6. Lesní okraje

• zachovávat bylinnou a křovinnou vegetaci podél lesních okrajů

Také vnější okraje lesa jsou netopýry hojně využívány jako loviště. Důležité jsou zejména teplé (jižně orientované) druhově pestré lesní lemy s výskytem mnoha druhů bylin a několika typů keřové vegetace. Takové lesní okraje hostí i pestrá společenstva hmyzu a tudíž poskytují netopýrům bohatou potravní nabídku. Naopak zarůstání lesních okrajů hustými porosty trnek, bezu či kopřiv není z hlediska druhové rozmanitosti žádoucí.

Lesní okraje mají také význam jako spojovací článek mezi lesem a okolní zemědělskou krajinou. Ideální je, pokud na lesní okraje navazují aleje či pásy vegetace podél toků, které mohou být netopýry využívány jako koridory (viz níže).

7. Krajina v okolí lesa

• podporovat rozmanitost krajiny v okolí lesů

• podporovat přítomnost liniových krajinných prvků

• chránit podzemní prostory (jeskyně a štoly)

• nevytvářet izolované lesní porosty

Kromě vlastního lesa je pro netopýry důležité také to, jak vypadá okolní krajina. Louky, pastviny či sady jsou netopýry často využívány jako potravní stanoviště (na rozdíl od rozsáhlých ploch orné půdy, kde je nabídka potravy minimální). Velký význam mají tzv. liniové krajinné prvky: stromové aleje, větrolamy, křovinaté meze či porosty podél vodních toků, které slouží rovněž pro lov potravy a také jako koridory při přeletech na jiná loviště. Řada druhů netopýrů osídluje vedle stromových úkrytů také úkryty v budovách (chatách, chalupách, hájovnách) nacházejících se v blízkosti lesa. Dostupnost vhodných lidských staveb v lesnaté krajině je proto pro netopýry také důležitá, stejně jako přítomnost podzemních prostor využívaných jako zimoviště.

Obecně lze říci, že pro netopýry je ideální členitá mozaikovitá krajina poskytující rozmanitost struktur a tedy i bohaté úkrytové a potravní možnosti. Některé druhy netopýrů jsou negativně ovlivňovány fragmentací lesů. Je proto důležité nevytvářet v krajině izolované lesní porosty.